De eerste 2 jaar bestaan uit 9 thema’s die zijn georganiseerd rondom patiëntgroepen en veel voorkomende aandoeningen. Ieder thema start met drie onderwijsweken. Daarna ga je vier weken lang vier dagen in de week aan de slag in de praktijk van de apotheek. Deze farmaceutische coschappen vinden plaats in de openbare, poliklinische of de ziekenhuisapotheek. Een van je farmaceutische coschappen vindt plaats als serious game. Aan het einde van de achtste week van een thema vindt de eindtoets plaats. Je sluit jaar 2 af met het formuleren van een onderzoeksvoorstel voor het wetenschappelijk project in jaar 3. 

In het derde jaar doe je eerst een wetenschappelijk onderzoek dat je afsluit met een masterscriptie. De vrijekeuzeruimte kun je invullen met vakken of stages over de hele wereld die bijdragen aan jouw functioneren als apotheker. De masteropleiding wordt afgesloten met het semi-apothekercoschap waarin je wekelijks vier dagen met meer zelfstandigheid werkt in een openbare, poliklinische of ziekenhuisapotheek.