Binnen de Faculteit der Wiskunde en Natuurwetenschappen zijn 8 instituten:

• Mathematisch Instituut
• Leiden Institute of Advanced Computer Science
• Leidse Sterrewacht
• Leids Instituut voor Onderzoek in de Natuurkunde
• Leids Instituut voor Chemisch onderzoek
• Leiden Academic Centre for Drug Research
• Instituut voor Biologie
• Centrum voor Milieuwetenschappen