Barend Mons
Hoogleraar Biosemantiek
- Naam
- Prof.dr. B. Mons
- Telefoon
- +31 71 526 9111
- b.mons@lumc.nl
- ORCID iD
- 0000-0003-3934-0072
Barend Mons is hoogleraar Biosemantiek bij het LUMC, en daarnaast bestuurslid van het Leiden Centre of Data Science. Hij is een van de grondleggers van de FAIR principes voor Open Science, en van het begrip Data Stewardship in 2015 was hij voorzitter van de High Level Expert Group van de Europese commissie voor de European Open Science Cloud. Op dit moment is hij wetenschappelijk directeur van het internationale office van GO FAIR, gesitueerd in het Poortgebouw op de LUMC campus.
Barend Mons is hoogleraar Biosemantiek bij het LUMC, en daarnaast bestuurslid van het Leiden Centre of Data Science. Hij is een van de grondleggers van de FAIR principes voor Open Science, en van het begrip Data Stewardship in 2015 was hij voorzitter van de High Level Expert Group van de Europese commissie voor de European Open Science Cloud. Op dit moment is hij wetenschappelijk directeur van het internationale office van GO FAIR, gesitueerd in het Poortgebouw op de LUMC campus.
Biosemantiek
Biosemantiek is een nieuwe vorm van computer-assisted learning die machines in staat stelt om associatief met data om te gaan die niet op de traditionele manier ‘expliciet’ aan elkaar gelinkd zijn.
Deze lijn van onderzoek wordt nu in de NWA big data route, en met name in VWdata.
Wetenschappelijke carrière
Barend Mons is in Leiden gepromoveerd (1986) op een proefschrift over genetische aspecten van malaria en heeft daar ook lang aan gewerkt in Leiden en bij TNO, Nee een periode bij de Europese commissie en in het bedrijfsleven is Barend teruggekomen naar Leiden waar hij op 25 februari 2013 zijn oratie hield als hoogleraar. De titel van zijn oratie is 'Kennis is als liefde… men wordt van het delen niet minder'.
Prijzen en eervolle benoemingen
Voor zijn malaria onderzoek heeft Barend de Eyckman medaille gekregen vanwege de Nederlandse Vereniging voor Parasitologie.
Global Open FAIR initiatief
Het Global Open FAIR initiatief is een snel groeiend international consortium, gericht op het realiseren van het Internet voor FAIR data en Services, sterk gesteund door de overheden van Nederland, Duitsland en Frankrijk.
Hoogleraar Biosemantiek
- Wiskunde en Natuurwetenschappen
- Leiden Academic Centre for Drug Research
- LACDR/Analytical Biosciences
Hoogleraar Biosemantiek
- Faculteit Geneeskunde
- Divisie 4
- Humane Genetica
- Bernabé, C.H.; Queralt-Rosinach, N.; Souza, V.E.S.; Santos, L.O.B.D.; Mons, B.; Jacobsen, A. & Roos, M. (2023), The use of foundational ontologies in biomedical research, Journal of Biomedical Semantics 14(1).
- César H. Bernabé, Lieze Thielemans, Rajaram Kaliyaperumal, Claudio Carta, Shuxin Zhang, Celia W.G. van Gelder, Nirupama Benis, Luiz Olavo Bonino da Silva Santos, Ronald Cornet, Bruna dos Santos Vieira, Nawel Lalout, Ines Henriques, Alberto Cámara Ballesteros, Kees Burger, Martijn G. Kersloot, Friederike Ehrhart, Esther van Enckevort, Chris T. Evelo, Alasdair J. G. Gray, Marc Hanauer, Kristina Hettne, Joep de Ligt, Arnaldo Pereira, Núria Queralt-Rosinach, Erik Schultes, Domenica Taruscio, Andra Waagmeester, Mark D. Wilkinson, Egon L. Willighagen, Mascha Jansen, Barend Mons, Marco Roos & Annika Jacobsen (2023), Building expertise on FAIR through evolving Bring Your Own Data (BYOD) workshops, Data Intelligence.
- Schultes E., Roos M., Santos L.O.B.D., Guizzardi G., Bouwman J., Hankemeier T., Baak A. & Mons B. (2022), FAIR digital twins for data-intensive research, Frontiers in Big Data 5: 883341.
- Queralt-Rosinach, N.; Kaliyaperumal, R.; Bernabe, C.H.; Long, Q.Q.; Joosten, S.A.; Wijk, H.J. van der; Flikkenschild, E.L.A.; Burger, K.; Jacobsen, A.; Mons, B.; Roos, M.; BEAT COVID Grp & COVID-19 LUMC Grp (2022), Applying the FAIR principles to data in a hospital: challenges and opportunities in a pandemic, Journal of Biomedical Semantics 13(1).
- Schultes, E.; Roos, M.; Santos, L.O.B.D.; Guizzardi, G.; Bouwman, J.; Hankemeier, T.; Baak, A. & Mons, B. (2022), FAIR Digital Twins for Data-Intensive Research, Frontiers in Big Data 5.
- Mons, B. (2020), The VODAN IN, European Journal of Human Genetics 28(6): 724-727.
- Mons, B. (2020), Invest 5% of research funds in ensuring data are reusable, Nature 578(7796): 491-491.
- Verhaart, I.E.C.; Hoen, P.A.C. 't; Roos, M.; Vroom, E.; Mons, B.; Isla, J.; Ludena, Y.; Goemans, N.; Campbell, C.; Niks, E.; Guglieri, M.; Evangelista, T.; Furlong, P.; Montolio, M.; Fegan, G.; Johnson, A.; Zito, I.; Athanasiou, D.; Franken, M.; Neven, F.K.; Bergsma, A.; Lamy, F.; Hofmeister, S.; Gumus, G.; Stoyanova, V.; Spitali, P.; Meijer-Krom, Y.; Godfrey, J.; Escalera, B.N.; Tournavitis, G.; Bakker, S.A.; Paliouras, G.; Delage, A.; Berrens, M.; Anderton, M.; Bergman, A. & Workshop Participants (2019), Meeting on data sharing for Duchenne 21-22 March 2019 Amsterdam, the Netherlands, Neuromuscular Disorders 29(10): 800-810.
- Wilkinson, M.D.; Dumontier, M.; Aalbersberg, I.J.; Appleton, G.; Axton, M.; Baak, A.; Blomberg, N.; Boiten, J.W.; Santos, L.B.D.; Bourne, P.E.; Bouwman, J.; Brookes, A.J.; Clark, T.; Crosas, M.; Dillo, I.; Dumon, O.; Edmunds, S.; Evelo, C.T.; Finkers, R.; Gonzalez-Beltran, A.; Gray, A.J.G.; Groth, P.; Goble, C.; Grethe, J.S.; Heringa, J.; Hoen, P.A.C.'.; Hooft, R.; Kuhn, T.; Kok, R.; Kok, J.; Lusher, S.J.; Martone, M.E.; Mons, A.; Packer, A.L.; Persson, B.; Rocca-Serra, P.; Roos, M.; Schaik, R. van; Sansone, S.A.; Schultes, E.; Sengstag, T.; Slater, T.; Strawn, G.; Swertz, M.A.; Thompson, M.; Lei, J. van der; Mulligen, E. van; Velterop, J.; Waagmeester, A.; Wittenburg, P.; Wolstencroft, K.; Zhao, J. & Mons, B. (2019), The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship (vol 15, 160018, 2016).
- Gelder, C.W.G. van; Hooft, R.W.W.; Rijswijk, M.N. van; Berg, L. van den; Kok, R.G.; Reinders, M.; Mons, B. & Heringa, J. (2019), Bioinformatics in the Netherlands: the value of a nationwide community, Briefings in Bioinformatics 20(2): 375-383.
- Gool, A.J. van; Bietrix, F.; Caldenhoven, E.; Zatloukal, K.; Scherer, A.; Litton, J.E.; Meijer, G.; Blomberg, N.; Smith, A.; Mons, B.; Heringa, J.; Koot, W.J.; Smit, M.J.; Hajduch, M.; Rijnders, T. & Ussi, A. (2017), Bridging the translational innovation gap through good biomarker practice, Nature Reviews Drug Discovery 16(9): 587-+.
- Wilkinson, M.D.; Dumontier, M.; Aalbersberg, I.J.; Appleton, G.; Axton, M.; Baak, A.; Blomberg, N.; Boiten, J.W.; Santos, L.B.D.; Bourne, P.E.; Bouwman, J.; Brookes, A.J.; Clark, T.; Crosas, M.; Dillo, I.; Dumon, O.; Edmunds, S.; Evelo, C.T.; Finkers, R.; Gonzalez-Beltran, A.; Gray, A.J.G.; Groth, P.; Goble, C.; Grethe, J.S.; Heringa, J.; Hoen, P.A.C. 't; Hooft, R.; Kuhn, T.; Kok, R.; Kok, J.; Lusher, S.J.; Martone, M.E.; Mons, A.; Packer, A.L.; Persson, B.; Rocca-Serra, P.; Roos, M.; Schaik, R. van; Sansone, S.A.; Schultes, E.; Sengstag, T.; Slater, T.; Strawn, G.; Swertz, M.A.; Thompson, M.; Lei, J. van der; Mulligen, E. van; Velterop, J.; Waagmeester, A.; Wittenburg, P.; Wolstencroft, K.; Zhao, J. & Mons, B. (2016), Comment: The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship, Scientific Data 3.
- Mina, E.; Roon-Mom, W. van; Hettne, K.; Zwet, E. van; Goeman, J.; Neri, C.; Hoen, P.A.C. 't; Mons, B. & Roos, M. (2016), Common disease signatures from gene expression analysis in Huntington's disease human blood and brain, Orphanet Journal of Rare Diseases 11.
- Hettne, K.M.; Thompson, M.; Haagen, H.H.H.B.M. van; Horst, E. van der; Kaliyaperumal, R.; Mina, E.; Tatum, Z.; Laros, J.F.J.; Mulligen, E.M. van; Schuemie, M.; Aten, E.; Li, T.S.; Bruskiewich, R.; Good, B.M.; Su, A.I.; Kors, J.A.; Dunnen, J. den; Ommen, G.J.B. van; Roos, M.; Hoen, P.A. 't; Mons, B. & Schultes, E.A. (2016), The Implicitome: A Resource for Rationalizing Gene-Disease Associations, PLoS ONE 11(2).
- Mina, E.; Thompson, M.; Kaliyaperumal, R.; Zhao, J.; Horst, E. van der; Tatum, Z.; Hettne, K.M.; Schultes, E.A.; Mons, B. & Roos, M. (2015), Nanopublications for exposing experimental data in the life-sciences: a Huntington's Disease case study, Journal of Biomedical Semantics 6.
- Masseroli, M.; Mons, B.; Bongcam-Rudloff, E.; Ceri, S.; Kel, A.; Rechenmann, F.; Lisacek, F. & Romano, P. (2014), Integrated Bio-Search: challenges and trends for the integration, search and comprehensive processing of biological information, BMC Bioinformatics 15.
- Marti-Solano, M.; Birney, E.; Bril, A.; Pasqua, O. della; Kitano, H.; Mons, B.; Xenarios, I. & Sanz, F. (2014), Integrative knowledge management to enhance pharmaceutical R&D, Nature Reviews Drug Discovery 13(4): 239-240.
- Cases, M.; Furlong, L.I.; Albanell, J.; Altman, R.B.; Bellazzi, R.; Boyer, S.; Brand, A.; Brookes, A.J.; Brunak, S.; Clark, T.W.; Gea, J.; Ghazal, P.; Graf, N.; Guigo, R.; Klein, T.E.; Lopez-Bigas, N.; Maojo, V.; Mons, B.; Musen, M.; Oliveira, J.L.; Rowe, A.; Ruch, P.; Shabo, A.; Shortliffe, E.H.; Valencia, A.; Lei, J. van der; Mayer, M.A. & Sanz, F. (2013), Improving data and knowledge management to better integrate health care and research, Journal of Internal Medicine 274(4): 321-328.
- Oetting, W.S.; Robinson, P.N.; Greenblatt, M.S.; Cotton, R.G.; Beck, T.; Carey, J.C.; Doelken, S.C.; Girdea, M.; Groza, T.; Hamilton, C.M.; Hamosh, A.; Kerner, B.; MacArthur, J.A.L.; Maglott, D.R.; Mons, B.; Rehm, H.L.; Schofield, P.N.; Searle, B.A.; Smedley, D.; Smith, C.L.; Bernstein, I.T.; Zankl, A. & Zhao, E.Y. (2013), Getting Ready for the Human Phenome Project: The 2012 Forum of the Human Variome Project, Human Mutation 34(4): 661-666.
- Haagen, H.H.H.B.M. van; Hoen, P.A.C. 't; Mons, B. & Schultes, E.A. (2013), Generic Information Can Retrieve Known Biological Associations: Implications for Biomedical Knowledge Discovery, PLoS ONE 8(11).
- Patrinos, G.P.; Cooper, D.N.; Mulligen, E. van; Gkantouna, V.; Tzimas, G.; Tatum, Z.; Schultes, E.; Roos, M. & Mons, B. (2012), Microattribution and nanopublication as means to incentivize the placement of human genome variation data into the public domain, Human Mutation 33(11): 1503-1512.
- Williams, A.J.; Harland, L.; Groth, P.; Pettifer, S.; Chichester, C.; Willighagen, E.L.; Evelo, C.T.; Blomberg, N.; Ecker, G.; Goble, C. & Mons, B. (2012), Open PHACTS: semantic interoperability for drug discovery, Drug Discovery Today 17(21-22): 1188-1198.
- Harmelen, F. van; Kampis, G.; Borner, K.; Besselaar, P. van den; Schultes, E.; Goble, C.; Groth, P.; Mons, B.; Anderson, S.; Decker, S.; Hayes, C.; Buecheler, T. & Helbing, D. (2012), Theoretical and technological building blocks for an innovation accelerator, European Physical Journal - Special Topics 214(1): 183-214.
- Dalgleish, R.; Molero, E.; Kidd, R.; Jansen, M.; Past, D.; Robl, A.; Mons, B.; Diaz, C.; Mons, A. & Brookes, A.J. (2012), Solving Bottlenecks in Data Sharing in the Life Sciences, Human Mutation 33(10): 1494-1496.
- van Haagen H & Mons B (2011), In silico knowledge and content tracking., Methods in Molecular Biology 760: 129-40.
- Mons, B.; Haagen, H. van; Chichester, C.; Hoen, P.B. 't; Dunnen, J.T. den; Ommen, G. van; Mulligen, E. van; Singh, B.; Hooft, R.; Roos, M.; Hammond, J.; Kiesel, B.; Giardine, B.; Velterop, J.; Groth, P. & Schultes, E. (2011), The value of data, Nature Genetics 43(4): 281-283.
- Haagen, H.H.H.B.M. van; Hoen, P.A.C. 't; Morree, A. de; Roon-Mom, W.M.C. van; Peters, D.J.M.; Roos, M.; Mons, B.; Ommen, G.J. van & Schuemie, M.J. (2011), In silico discovery and experimental validation of new protein-protein interactions., Proteomics 11(5): 843-53.
- van Haagen HHHBM, 't Hoen PAC, Bovo AB, de Morree A, van Mulligen EM, Chichester C, Kors JA, den Dunnen JT, van Ommen GJB, van der Maarel SM, Kern VM, Mons B & Schuemie MJ (2009), Novel Protein-Protein Interactions Inferred from Literature Context, PLoS ONE 4(11).
- van Haagen HH, 't Hoen PA, Botelho Bovo A, de Morrée A, van Mulligen EM, Chichester C, Kors JA, den Dunnen JT, van Ommen GJ, van der Maarel SM, Kern VM, Mons B & Schuemie MJ (2009), Novel protein-protein interactions inferred from literature context., PLoS ONE 4(11): e7894.
- Jelier R, 't Hoen PAC, Sterrenburg E, den Dunnen JT, van Ommen GJB, Kors JA & Mons B (2008), Literature-aided meta-analysis of microarray data: a compendium study on muscle development and disease, BMC Bioinformatics 9.
- Mons B, Ashburner M, Chichester C, van Mulligen E, Weeber M, den Dunnen J, van Ommen GJ, Musen M, Cockerill M, Hermjakob H, Mons A, Packer A, Pacheco R, Lewis S, Berkeley A, Melton W, Barris N, Wales J, Meijssen G, Moeller E, Roes PJ, Borner K & Bairoch A (2008), Calling on a million minds for community annotation in WikiProteins, Genome Biology 9(5).
- Schuemie M, Chichester C, Lisacek F, Coute Y, Roes PJ, Sanchez JC, Kors J & Mons B (2007), Assignment of protein function and discovery of novel nucleolar proteins based on automatic analysis of MEDLINE, Proteomics 7(6).
- Voorzitter (1 dag/wk buiten LUMC/UL aanstelling)