Het instituut wordt gefinancierd door de ministeries van Onderwijs, Cultuur en Wetenschappen en Buitenlandse Zaken en door Universiteit Leiden. Om de onafhankelijkheid en de belangen van het instituut in Marokko te waarborgen is het naar Marokkaans recht deel van de Nederlandse ambassade in Rabat. Het instituut voert zijn taken uit onder verantwoordelijkheid van Universteit Leiden.

Adviesraad

Een Maatschappelijke Raad van Advies (MAR) ondersteunt de directeur van het NIMAR bij zijn werkzaamheden. Vanwege de maatschappelijke taak van het NIMAR hebben vertegenwoordigers van verschillende maatschappelijke geledingen zitting in de Adviesraad.

Leden van de Maatschappelijke Raad van Advies:

• De heer Ahmed Aboutaleb ing., (Voormalig burgemeester van Rotterdam), voorzitter
• Mevrouw Ingrid van Engelshoven (Adviseur Blueyard; Voormalig Minister van Onderwijs, Cultuur en Wetenschap bij Ministerie van Onderwijs, Cultuur en Wetenschap), vicevoorzitter 
• Mevrouw dr. Zohra Acherrat (Psychiater bij het FPC de Oostvaarderskliniek en voorzitter Stichting Vrouwen Activiteiten Centrum)
• De heer Dirk Jan Nieuwenhuis (Ambassadeur van Nederland in Marokko)
• Mevrouw prof. dr. Marjo Buitelaar (Hoogleraar Hedendaagse-Islam, Rijksuniversiteit Groningen)
• De heer Ali Eddaoudi (Voormalig hoofd Islamitische Geestelijke Verzorging van de Nederlandse krijgsmacht)
• De heer drs. Ron Bormans (Voormalig Voorzitter College van Bestuur, Hogeschool Rotterdam)

Foto's van Rabat en excursies met dank aan Jan Hoogland en Melle Voncken.