Het NIMAR faciliteert en stimuleert onderzoek en samenwerking tussen Nederland, Marokko en derde landen op basis van gelijkwaardige samenwerking.

Het NIMAR faciliteert en stimuleert onderzoek en samenwerking tussen Nederland, Marokko en andere landen op basis van gelijkwaardige samenwerking. 

Vijf gebieden krijgen bijzondere aandacht: Migratie; Afrikastudies, met een focus op Marokko tussen Afrika en Europa; Museum- en erfgoed studies; stadsstudies en infrastructuur, in het bijzonder havensteden; en ecologie en duurzame voedselproductie. De sterke worteling in het Nederlandse hoger onderwijs in combinatie met uitwisselingen met Marokkaanse en ander partners resulteert in internationale netwerken die hoogwaardige kennis produceren en verspreiden.

Het NIMAR is primair actief op het gebied van de geestes- en sociale wetenschappen, en zoekt actief samenwerking met andere disciplines, zoals techniek en landbouw. Het samenwerkingsverband tussen Leiden, Delft en de Erasmus Universiteit Rotterdam (LDE) vergemakkelijkt deze uitbreiding. 

Het NIMAR verwelkomt onderzoekers, wetenschappers en medewerkers van alle Nederlandse universiteiten en hogescholen. Ook onderzoekers uit andere landen komen in aanmerking voor een werkplek. Deze vinden bij het instituut een uitgangspositie voor verder onderzoek en samenwerking op Marokkaanse bodem, met een netwerk dat het instituut kan aanbieden.