Universiteit Leiden

nl en

Startsein voor Leidse supercomputer

Van simulaties van sterrenstelsels tot analyses van MRI-scans: wetenschappelijk onderzoek vraagt steeds meer rekenkracht. Daarom gaat de Universiteit Leiden een geheel nieuwe faciliteit voor high performance computing opzetten. Op 20 juni werd het officiële startsein gegeven.

‘We creëren een point of no return voor onszelf,’ zo opende vicevoorzitter van het College van Bestuur Martijn Ridderbos de bijeenkomst in de Faculty Club. De afgelopen jaren is veel voorbereidend werk verricht, en nu gaat het project om het Computing Facility for Excellent Research (CFER) te realiseren echt van start. Over twee jaar – wanneer ook het nieuwe datacenter van de Universiteit Leiden gereed is – moet de supercomputer er staan. Ridderbos: ‘We moeten onze onderzoekers optimaal faciliteren in hun werk. Een nieuwe supercomputer, met alle benodigde infrastructuur en ondersteuning daar omheen, stelt hen in staat nog beter onderzoek te doen.’

High performance computing

Voor de nieuwe faciliteit wordt nauw samengewerkt met het Leids Universitair Medisch Centrum. Het LUMC heeft nu al een faciliteit voor high performance computing (HPC) die wordt gebruikt door onderzoekers, maar ook voor complexe diagnostiek in de patiëntenzorg. Deze HPC-faciliteit is echter lang niet zo krachtig als dat het nieuwe CFER moet worden. ‘Het CFER biedt mogelijkheden voor innovatie, voor nog complexere onderzoeksvragen, maar ook voor educatie,’ aldus Karel van Lambalgen, hoofd ICT van het LUMC. ‘Dan kunnen onze studenten al zo vroeg mogelijk leren werken met een supercomputer.’

Rekenen aan het universum

Maar wat kun je nu met zo’n supercomputer? Hoogleraar Numerieke astrofysica Simon Portegies Zwart weet er wel raad mee. ‘Het probleem als je wilt rekenen aan het heelal, is het enorme verschil in schaal: tussen het kleinste molecuul in de ruimte en het gehele universum zit een factor tien tot de twintigste macht verschil in grootte. Dat is een tien met twintig nullen erachter. Maar je eigen computer kan maar rekenen met zestien decimalen.’ Aan de hand van het drie-deeltjes-probleem laat Portegies Zwart zien wat dat uitmaakt. Het drie-deeltjes-probleem wil de baan van drie sterren ten opzichte van elkaar bepalen, aan de hand van de onderlinge zwaartekracht. ‘Alleen een supercomputer heeft de rekenkracht om dit correct uit te rekenen en de baan van de sterren te voorspellen.’

MRI-scans automatisch beoordelen

Een ander praktijkvoorbeeld komt van Lara Wierenga, die bij het Instituut Psychologie onderzoek doet naar de hersenontwikkeling van kinderen. Hiervoor analyseert zij vele tientallen of zelfs honderden MRI-scans van kinderhersenen. ‘Kinderen liggen niet altijd stil in de scanner. Daardoor is de kwaliteit van lang niet elke scan goed genoeg om te analyseren.’ Om dat te bepalen, moesten Wierenga en haar collega’s elke scan handmatig controleren. ‘We wilden dit natuurlijk graag automatiseren, want het is zeer tijdrovend.’ Met behulp van de supercomputer in het LUMC ontwikkelde Wierenga drie modellen die de scans automatisch konden beoordelen. ‘Elk model moest getest worden op de bijna 800 scans uit onze dataset. Op een lokale, simpele computer zou dat 1569 dagen hebben geduurd. Met de HPC waren we er in 17 dagen doorheen.’ De neuropsychologe kijkt uit naar het nieuwe, nog krachtigere CFER. ‘Onze datasets worden alleen maar groter: meer proefpersonen die we langere tijd volgen en dus vaker scannen. Met een betere HPC-faciliteit kunnen we blijven concurreren met de top van ons vakgebied.’

Samenwerking met LUMC

Ridderbos benadrukt dat het LUMC en de universiteit hun krachten willen bundelen. ‘Dat gebeurt nu al, en gaat alleen maar meer worden,’ vult Van Lambalgen aan. Om dat kracht bij te zetten, tekende hij en Rolf Oosterloo, directeur bedrijfsvoering van de Faculteit der Sociale Wetenschappen een samenwerkingsovereenkomst. De komende twee jaar zal, parallel aan de realisatie van het CFER, ook het gezamenlijk gebruik van de LUMC-faciliteit worden uitgebreid. Daarnaast wil Ridderbos ook de samenwerking in de regio versterken. ‘De eerste contacten met TU Delft zijn gelegd. Om een project als dit goed op te zetten én up to date te houden, zijn continue investeringen nodig. Dat kunnen we het beste gezamenlijk doen.’

Deze website maakt gebruik van cookies. Meer informatie