‘Alleen samen tillen we de Nederlandse microscopie naar een hoger niveau’
Met microscopie kunnen we het leven beter begrijpen en ziektes beter bestrijden. Het nieuwe NL-BioImaging netwerk gaat daarvoor de modernste technologieën en diensten ontwikkelen. Universiteit uit heel Nederland, waaronder de Universiteit Leiden en het Leids Universitair Medisch Centrum, bundelen hun krachten voor optimale innovatie. ‘Dit soort uitdagingen kun je als instelling niet in je eentje oplossen.’ Het netwerk ontvangt 25 miljoen euro, waarvan 15 miljoen uit het NWO Nationaal Roadmap Programma 2023.
Geavanceerde microscopie is niet meer weg te denken uit de biowetenschappen. We worden steeds beter in het identificeren en manipuleren van levende cellen en weefsels. Maar om microscopie naar een nog hoger niveau te brengen, is er meer nodig. Denk aan investeringen in hightech instrumenten en tools voor data-analyse. ‘De huidige uitdagingen zijn niet meer behapbaar voor individuele labs of faciliteiten’, zegt project-coördinator professor Eric Reits van het Amsterdam UMC. NL-BioImaging (NL-BI) wil deze uitdagingen overwinnen door samen de technologiekloven te overbruggen en alle Nederlandse onderzoekers toegang te bieden tot geavanceerde beeldvorming.
Een inhaalslag voor data-management
De Nederlandse bio-imaging centra produceren allerlei waardevolle data’, zegt Sylvia Le Dévédéc, assistent-professor bij het LACDR en manager van het High-Content Imaging platform bij het Leiden Cell Observatory. ‘Maar de aanpak van data-management blijft achter ten opzicht van andere vakgebieden en voldoet nog niet aan de FAIR-principes (zie kader). Dat heeft als gevolg dat de bio-imaging onderzoeksresultaten niet goed herbruikbaar zijn. Het hindert samenwerking en beperkt de waarde van de gegenereerde data. Momenteel kunnen we de gegevens ook niet met andere datatypes integreren. Dit alles staat vooruitgang in de weg. Dit project zal daar verandering in brengen.’
Wat is FAIR data?
De international FAIR-principes zijn richtlijnen voor de manier waarop wetenschappelijke data beschreven, opgeslagen en gepubliceerd moet worden. Met andere woorden: gegevens moeten vindbaar (Findable), toegankelijk (Accesible), uitwisselbaar (Interoperable) en herbruikbaar (Reusable) zijn.
Leiden leidt twee onderzoeks- en ontwikkelingsknooppunten
NL-BI gaat aan de slag met de modernste technologieën en diensten om processen in levende organismes nog beter in beeld te brengen. Katy Wolstencroft van het LIACS leidt een speciaal nationaal team voor gegevensbeheer en -analyse. Dit team zal alle Nederlandse microscopiefaciliteiten met elkaar verbinden. Het doel: nieuwe AI-tools inzetten voor meer hergebruik, ontginning en uitwisseling van grote hoeveelheden beeldgegevens.
‘Dit zal leiden tot een betere, doelgerichte aanpak van ziektes zoals kanker.’
Leiden leidt twee van de zeven ‘knooppunten’ en zal investeren in fysieke infrastructuur en technische expertise. ‘Samen met het Nederlands Kanker Instituut vormen we het belangrijke knooppunt “High Throughput Microscopy”’, vertelt Dévédéc, die dit knooppunt leidt. ‘Met de financiering kunnen we een snel beeldvormingssysteem met automatische plaatverwerking aanschaffen. Dat zal onze screeningscapaciteit bij het Cell Observatory sterk vergroten. Hopelijk leidt dat tot nieuwe ontwikkelingen op het gebied van de ontdekking en veiligheid van geneesmiddelen en een betere, doelgerichte aanpak van chronische ziektes zoals kanker, ontstekingsziektes en ziektes die het zenuwstelsel beschadigen, zoals Alzheimer en Parkinson.’
Wolstencroft: ‘In Leiden hebben we al een FAIR data managementsysteem opgezet dat verbonden is met meer dan 50 microscopen en meer dan 300 gebruikers bedient. Nu kunnen we deze oplossing uitrollen naar alle 18 partners in het netwerk.’
Een algemene aanpak voor data maakt het ook mogelijk om geavanceerde AI-beeldanalyse beschikbaar te maken voor de hele bio-beeldvormingsgemeenschap. Lennard Voortman, hoofd van de lichtmicroscopiefaciliteit van het LUMC, gaat hiermee aan de slag. Hij gaat workflows voor HTM-beeldanalyse aanbieden.
Groot profijt voor Leiden
Le Dévédéc: ‘De Leidse kernfaciliteit voor beeldvorming, het FAIR Cell Observatory, zal sterk profiteren van het NL-BI. De financiële steun zal de al zeer productieve samenwerking tussen de verschillende instituten van de faculteit en het LUMC zeker versterken. We zullen ons pakket aan beeldvormingsmogelijkheden kunnen uitbreiden, krijgen meer toegang tot benodigde stoffen en materialen, kunnen onze infrastructuur opschalen en ons FAIR-datamanagement verbeteren.’
NWO-Roadmaps
Nationale Roadmap voor Grootschalige Wetenschappelijke Infrastructuur van het NWO streeft naar een duurzaam ecosysteem van Grootschalige Onderzoeksinfrastructuur in Nederland.
In een persbericht van 20 februari maakte NWO de negen projecten bekend die in totaal 140 miljoen euro krijgen: Nationale Roadmap: Negen projecten ontvangen 140 miljoen euro voor grootschalige wetenschappelijke infrastructuur.
Uitvoerende organisaties
- Amsterdam UMC - Location AMC (secretary); coordinator: Prof. dr. Eric Reits
- Erasmus MC
- Leids University Medical Centrer
- Maastricht UMC+
- Nederlands Kanker Instituut
- Princess Maxima Centre for Children Oncology
- Radboud University Medical Center
- Technical University Delft
- University Leiden
- University Medical Center Groningen
- University Medical Center Utrecht
- University Utrecht
- University of Amsterdam
- Free University Amsterdam
- Wageningen University & Research