Annetje Ottow studeerde Rechten aan de Universiteit Leiden en behaalde in 1988 haar meestertitel cum laude, in de afstudeerrichting Bedrijfsrecht. In 1990 voltooide ze een Master of Laws aan het Queen Mary College in Londen. Daarna was ze 16 jaar werkzaam in de advocatuur, eerst bij De Brauw Blackstone Westbroek, later als partner bij Houthoff Buruma. Van 2006 tot 2013 was zij lid van het College van de Onafhankelijke Post en Telecommunicatie Autoriteit (OPTA). 

In 2006 promoveerde Ottow aan de Universiteit van Amsterdam, op een studie naar regulering van de telecomsector. In haar onderzoek, dat zich toespitst op toezicht(houders) en marktwerking, combineert ze academische deskundigheid met praktijkervaring. 

In 2007 werd Ottow benoemd tot hoogleraar Economisch publiekrecht aan de Universiteit Utrecht. Van 2014 tot 2018 was ze daar decaan van de Faculteit Recht, Economie, Bestuur en Organisatie, en van 2018 tot 2021 vicevoorzitter van het College van Bestuur. Van 2021 tot 2025 was zij voorzitter van het College van Bestuur van de Universiteit Leiden.