Promotie
Integration and disentanglement of single-cell and spatial transcriptomics with applications in Autosomal Polycistic Kidney Disease
- C. Novella Rausell
- Datum
- woensdag 28 mei 2025
- Tijd
- Locatie
-
Academiegebouw
Rapenburg 73
2311 GJ Leiden
Promotor(en)
- Prof.dr. D.J.M. Peters
- dr. A. Mahfouz
Samenvatting
Single-cell transcriptomics heeft ons begrip van cellulaire diversiteit en functie sterk verbeterd door inzicht te geven in weefselheterogeniteit en ziekteprocessen. Mijn onderzoek richtte zich op het verbeteren en toepassen van analysemethoden voor single-cell transcriptomics om nierziekten beter te begrijpen, met name Autosomaal Dominante Polycysteuze Nierziekte (ADPKD).
We ontwikkelden de 'Mouse Kidney Atlas', een uitgebreide referentieatlas samengesteld uit meerdere geïntegreerde single-cell datasets. Deze atlas verbeterde celtypeclassificatie en identificeerde robuuste markers voor bekende én onbekende niercelpopulaties. Vervolgens hebben we spatial transcriptomics toegepast op nierweefsel, waarbij onze atlas hielp om de resolutie van celtype-identificatie te verhogen. Dit toonde aan dat bij ADPKD specifieke celtypen zoals fibroblasten, immuuncellen en failed-repair proximale tubuluscellen toenemen rond niercysten. Celcommunicatie-analyse onthulde belangrijke ligand-receptor interacties die mogelijk bijdragen aan ziekteprogressie.
Daarnaast ontwikkelden we spVIPES, een computationele methode om gedeelde en unieke factoren uit single-cell datasets effectief te scheiden. spVIPES verbeterde dataset-integratie aanzienlijk, zowel binnen als tussen verschillende soorten, nierziektemodellen en immuunstudies.
Ten slotte voerden we pilotstudies uit om vroege cellulaire veranderingen bij ADPKD te onderzoeken via single-cell RNA-sequencing van niermonsters in verschillende ziektestadia. Dit leverde waardevolle inzichten op in vroege moleculaire mechanismen en biedt aanknopingspunten voor toekomstig onderzoek.
Deze verbeterde analysemethoden vergroten ons begrip van het cellulaire en moleculaire landschap bij nierziekten zoals ADPKD.
Proefschriften
Ongeveer een week na de promotie zijn proefschriften van Leidse promovendi digitaal beschikbaar via het Leids Repositorium. De proefschriften op deze site zijn vrij toegankelijk. Alleen in sommige gevallen rust er een tijdelijk embargo op een proefschrift en wordt het proefschrift pas later volledig beschikbaar gesteld.
Persvragen (alleen journalisten)
Algemene informatie
Bureau Pedel
pedel@bb.leidenuniv.nl
071 527 7211