PhD defence
Metagenomic sequencing in clinical virology: advances in pathogen detection and future prospects
- E.C. Carbo
- Date
- Wednesday 17 May 2023
- Time
- Location
-
Academy Building
Rapenburg 73
2311 GJ Leiden
Supervisor(s)
- Prof.dr. A.C.M. Kroes
- dr. J.J.C. de Vries
- dr. I. Sidorov
Summary
Om alle virussen tegelijk te detecteren die zich in een patiëntenmonster bevinden, kan de metagenomische sequence test worden ingezet. Bij deze test wordt het volledige metagenoom van een patiëntenmonster in kaart gebracht, door al het genetische materiaal rechtstreeks uit het monster op te werken en te analyseren op de aanwezigheid van virale micro-organismen. Men hoeft niet vooraf al een specifiek virus te verwachten bij een patiënt, zoals dat binnen de hedendaagse diagnostiek wel het geval is bij de gerichte polymerase chain reaction (PCR) test.
In dit proefschrift is er onderzoek gedaan naar hoeveel additionele diagnoses deze metagenomische test zal opleveren, en de sensitiviteit van het diagnostische testprotocol is onderzocht en verbeterd. Daarnaast zijn verschillende bioinformatische sequentie data analysemethoden met elkaar vergeleken m.b.t. sensitiviteit en specificiteit, en is de diagnostische toepasbaarheid van de test onderzocht in verschillende patiëntenpopulaties zoals encefalitispatiënten, transplantatiepatiënten en terugkerende reizigers met onverklaarde koorts.
Tevens zijn het metagenomische sequence protocol en verschillende whole genome sequence technieken met elkaar vergeleken ten behoeve van de surveillance van het SARS-CoV-2 virus. Tevens zijn in dit proefschrift mogelijkheden van de metagenomische test voor virus discovery in kaart gebracht om zo eventuele toekomstige nieuwe virussen te detecteren rechtstreeks in patiëntenmonsters.
De metagenomische sequence test zorgt voor de identificatie van meer virussen in patiënten en is een belangrijke aanvulling op het huidige diagnostische testprotocol. Bij uitbraken met nieuwe virussen is het tevens een waardevolle test om in te zetten voor discovery en het monitoren van virussen. De metagenomische sequence test heeft daarom belangrijke toekomstperspectieven.
PhD dissertations
Approximately one week after the defence, PhD dissertations by Leiden PhD students are available digitally through the Leiden Repository, that offers free access to these PhD dissertations. Please note that in some cases a dissertation may be under embargo temporarily and access to its full-text version will only be granted later.
Press enquiries (journalists only)
General information
Beadle's Office
pedel@bb.leidenuniv.nl
+31 71 527 7211