Hoe kunnen atomen in eiwitten onderscheiden worden met een nieuwe microscoop?

Eiwitten in de membranen van een cel laten zich notoir moeilijk onderzoeken. Vandaar dat oppervlaktefysicus Tjerk Oosterkamp en collega’s hard werken aan een nieuwe techniek om ze zichtbaar te maken. Vandaag publiceren de fysici in Nature over het ‘eerste licht’ van hun nieuwe microscoop.

De bijzondere tumorselectieve eigenschappen van apoptin zijn als eerste in de wereld in Leiden ontdekt. Onze studies tonen aan dat PTD4-apoptin eiwit in potentie ontwikkeld kan worden tot een veilig en effectief nieuw antitumormiddel.

Onderzoekers onder leiding van chemicus prof. Marcellus Ubbink hebben onlangs een onderzoek gepubliceerd in Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS) over de dynamica van een belangrijk redoxenzym. Het werk is tot stand gekomen dankzij een NWO VICI subsidie van prof. Ubbink.

Het werk van SUMO-eiwitten in onze lichaamscellen is van levensbelang. Van die eiwitten maakt moleculair celbioloog Alfred Vertegaal al negen jaar zijn werk. Na een Veni-beurs heeft hij nu ook een prestigieuze Vidi-beurs op zak.

Fotosynthese werkt alleen optimaal als een plant zich kan aanpassen aan verandering in de lichtinval. Natuurkundige Martina Huber ontdekte dat een flexibele staart van een bepaald eiwit het middel kan zijn waarmee de plant die aanpassing op het licht teweeg kan brengen. Haar ontdekking wordt op 5 maart…

Alireza Mashaghi en zijn onderzoeksteam hebben een nieuw kader gecreëerd om vormen van eiwitten en DNA te begrijpen. Met dit raamwerk kunnen veel ziekten beter worden begrepen.

Eiwitten organiseren zich rond onze lichaamscellen via een kracht die ze zelf veroorzaken. Ze deuken de cel in en rollen zo naar elkaar toe. Deze ontdekking geeft meer inzicht in processen als voedingsopname en hersensignalen, maar ook in malafide processen zoals Alzheimer. Publicatie in Nature’s Scientific…

Botresten van duizenden jaren oud zijn vaak te gefragmenteerd om te kunnen identificeren. Het is promovendus Frido Welker nu voor het eerst gelukt om mensachtige botten van elkaar te onderscheiden aan de hand van oude eiwitten. Promotie 18 mei.

Doorzichtige moleculen stuk voor stuk bekijken onder een lichtmicroscoop. Dat kan door ze te binden aan een gouden nanostaafje. De Leidse natuurkundigen dr. Peter Zijlstra en prof.dr. Michel Orrit hebben dit experimenteel aangetoond. Hun artikel staat vanaf 15 april op de website van Nature Nanotech…

De biomedische wetenschap heeft een steeds grotere behoefte aan beeldmateriaal van biologisch materiaal op het niveau van cellen en eiwitten. Tjerk Oosterkamp, hoogleraar Experimentele natuurkunde, is gespecialiseerd in het ontwikkelen en gebruiken van tastmicroscopen om biologisch materiaal te bestuderen.…

Hersenziekten zoals de ziekte van Alzheimer gaan gepaard met opeenhopingen van eiwitten in de hersenen. Maar het verband met de ziekte is niet duidelijk. In het tijdschrift PhysChemPhys publiceren Martina Huber, Enrico Zurlo en collega's een nieuwe methode om het klonteren te volgen.

Een essentieel eiwit dat onze hartslag reguleert blijkt ook belangrijk te zijn voor kankercellen. De ontdekking zou kunnen leiden tot nieuwe behandelingen tegen uitzaaiing. Publicatie in Science Signaling op 4 april.

Een nieuwe natuurkundige techniek maakt de weg vrij om het gedrag te bestuderen van Aβ-peptide. Het is bekend dat dit eiwit een rol speelt bij Alzheimer, maar voor effectieve medicatie is het nodig om te weten wat het precies doet. Publicatie op 16 maart in Journal of Biological Physics.

Tijdens het jaarlijkse LACDR Spring Symposium koos het publiek promovendus Rob van Wijk als beste spreker. Daarnaast wonnen zes promovendi een posterprijs. Matthias P. Mayer van Heidelberg University opende het symposium met een keynote lezing over chaperone-eiwitten.

De Leidse onderzoeker Alireza Mashaghi werd onlangs geïnterviewd door het Leidsch Dagblad over zijn meest recente doorbraak: hij en zijn team vonden een manier om van elk eiwit te bepalen hoe het gevouwen is. ‘Je kunt het de vingerafdruk of barcode van eiwitten noemen,’ vertelt Mashaghi in het artik…

Hoe ligt het DNA in onze cellen precies opgevouwen? Om dat te onderzoeken ontvangt biochemicus Remus Dame een ENW-Groot-subsidie van 3 miljoen euro. De Universiteit Leiden deelt de beurs met de TU Delft, VU en het Hubrecht Instituut.

Met elektronspins hebben natuurkundigen het bindingsproces onderzocht van het eiwit α-synucleïne, dat wordt geassocieerd met de ziekte van Parkinson. Wat blijkt is dat het eiwit op een verrassend efficiënte manier bindt aan een hersenmembraan. Met deze in Leiden ontwikkelde methode hebben de onderzoekers…

Nog nooit was een kristalstructuur van een menselijk eiwitmolecuul in een celwand zo kristalhelder. De Leidse onderzoekers Ad IJzerman en Laura Heitman maakten samen met Amerikaanse collega’s de meest gedetailleerde kristalstructuur ooit van een doeleiwit voor geneesmiddelen. De onderzoekers publiceerden…

Afweercellen houden tuberculosebacteriën onder controle door ze af te breken. Leids biologe Annemarie Meijer en collega’s ontdekten welk eiwit hiervoor de aanzet geeft. Dat eiwit (DRAM1) is mogelijk geschikt voor nieuwe medicijnen, schrijven ze in Cell Host & Microbe.

De Leidse chemicus Mario van der Stelt ontwikkelde een sensor die kan zien hoe bepaalde eiwitten een rol spelen bij de ontwikkeling van obesitas. Ook vond zijn team een stof die deze eiwitten afremt. De ontdekking is gepubliceerd in ‘Angewandte Chemie’.

Het kandidaatgeneesmiddel BIA 10-2474 bindt bij hoge doseringen niet alleen aan het eiwit waarop het gericht is, maar ook aan andere eiwitten. Zo schakelt het eiwitten uit die betrokken zijn bij de stofwisseling in zenuwcellen. Dat schrijft een internationale groep onderzoekers van onder meer de Universiteit…

Onderzoeksgroepen in het Biological & Soft Matter onderzoeksprogramma ontrafelen de mechanismen in biologische processen en ontwikkelen nieuwe zachte materialen die geïnspireerd zijn door de natuur.

Chemicus Gerjan de Bruin ontwierp een methode om het afbraakproces van eiwitten in cellen te remmen. Dat kan mogelijk bijdragen aan nieuwe kankermedicijnen met minder bijwerkingen. Promotie op 1 juni.

De Dick Stufkens Prijs 2009 wordt toegekend aan dr. Diego Millo voor zijn proefschrift “Combined Electrochemistry and Raman Spectroscopy of Heme Proteins”. De prijs, die bestaat uit een getuigschrift en een geldbedrag van 1.000 euro, wordt op 12 november tijdens het 15-jarig jubileumsymposium van de…

De manier waarop genen zijn opgevouwen bepaalt hoe vaak ze tot uiting komen in ons lichaam. Leidse biofysici hebben nu als eerste deze structuur molecuul-voor-molecuul ontrafeld. Publicatie op 1 december in Nature’s Scientific Reports.

Kasteren

Onze DNA-moleculen worden door eiwitten verpakt in compacte structuren. Het doel van dit project is om te begrijpen hoe moderne technieken voor genbewerking desalniettemin toegang krijgen tot hun doelwit op het DNA.

Schneider

Mensen kunnen niet zonder eiwitten. Eiwitten versnellen chemische reacties of helpen bij de afbraak van medicijnen. Maar hun complexe werking is nog altijd moeilijk te vatten. Chemicus Marcellus Ubbink kreeg een Vici-subsidie om de dynamiek van eiwitten in ons lichaam in beeld te brengen.

Het team van Alireza Mashaghi van het Leiden Academic Centre for Drug Research heeft een manier gevonden om de vorm van eiwitten te bepalen en classificeren: door middel van een barcode. Met de simpele maar precieze topologische barcode is het mogelijk alle soorten vouwen in een eiwit weer te geven.…

Paramagnetisme. Een nieuwe occulte praktijk? Nee. Een van de nieuwste wetenschappelijke methoden om het gedrag van eiwitten haarscherp in kaart te brengen. Marcellus Ubbink van de Universiteit Leiden krijgt ruim 3 miljoen euro van de Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek en de Universiteit…

Hij praat snel en enthousiast. Logisch, want Gerard van Westen is als de machinist op een heel snelle trein. Het eindstation: een virtuele mens, bestaand uit algoritmen die voorspellen wat een toegediende stof doet in ons lichaam. De trein is al een heel eind op weg. De farmaceutische industrie is ook…

Remus Dame

Voor goed onderzoek is het nodig om buiten de grenzen van vakdisciplines te kijken, stelt hoogleraar moleculaire en cellulaire biochemie Remus Dame in zijn oratie op 10 mei. Zo zouden processen die plaatsvinden op DNA niet alleen moeten worden onderzocht in een reageerbuis maar ook in levende cellen…

Het Protein Centre kan u voorzien van gezuiverde eiwitten die essentieel zijn voor vele experimenten, variërend van in-vitro-inhibitorscreening en enzymatische analyse tot manipulatie van levende cellen.

Genen zijn soms een tijdje actief, en doen dan weer even helemaal niets. Leids fysicus John van Noort ontvangt een NWO ECHO-subsidie om uit te zoeken hoe dit komt.

Met de NMR faciliteit doen we onderzoek naar de synthese van paramagnetische moleculen om kennis te vergaren over de structuur en dynamiek van eiwitten. Deze kennis kan dienen als basis voor een medicijn dat zich hecht aan een eiwit of voor de ontwikkeling van vaccins. Medicijnontwikkeling is één van…

Overkleeft

Het ontwikkelen van nieuwe medicijnen is een complex proces waarbij veel partijen samenwerken. De onderzoekers van het LACDR zetten zich dagelijks in voor nieuwe, betere, efficiëntere en makkelijker produceerbare medicijnen. Het instituut werkt nauw samen met het LUMC, met bedrijven op het Leiden Bio-Science…

Dr. ir. Tjerk Oosterkamp, hoogleraar experimentele natuurkunde, heeft een ambitieus doel: een MRI-scanner die individuele atomen kan onderscheiden in biologische materialen. Hij kreeg er onlangs een VICI-subsidie van 1,5 miljoen euro voor.

Planten zou je kunnen zien als kleine chemische fabrieken, die via fotosynthese chemische stoffen produceren. Als we fotosynthese kunnen nabootsen in een kunstmatig systeem, kunnen we schone brandstoffen en materialen maken uit zonlicht en CO2. Huub de Groot is heel dicht bij het ontwerpen van zo’n…

Een chemokuur die niets doet, totdat je hem met licht bestraalt. Voor de ontwikkeling daarvan ontving Sylvestre Bonnet een Vici-beurs van 1,5 miljoen euro. Hiermee 'bouwt' de Leidse chemicus een nieuw molecuul om tumoren te bestrijden die nu nog lastig te behandelen zijn.

De Leidse biofysica Martina Huber was de eerste die ontdekte dat een eiwit dat mede verantwoordelijk is voor de ziekte van Parkinson de vorm van een verstrengeld hoefijzer kan hebben. Een bijzondere ontdekking want het eiwit is nagenoeg onzichtbaar.

De Universiteit Leiden benoemt John van Noort tot hoogleraar biofysica. Hij onderzoekt de manier waarop DNA in ons lichaam wordt opgevouwen en uitgelezen.

Hoe kunnen we met behulp van moleculair gereedschap meer inzicht krijgen in de ziekteverwekkende eigenschappen van de Neisseria pili?

Pas als we stap voor stap een plant of dier kunnen ‘bouwen’, begrijpen we hoe het organisme werkt. Zo kunnen we volgen en invoelen hoe eiwitten en DNA zich organiseren tot cellen en hoe cellen zich logischerwijs wel moeten organiseren tot weefsels, organen en hele dieren. Pas dan begrijpen we echt hoe…

Atherosclerose (aderverkalking) is de meest voorkomende oorzaak van een hartinfarct of beroerte, en één van de meest voorkomende doodsoorzaken in de westerse wereld. Mensen met aderverkalking moeten levenslang medicijnen gebruiken. Een vaccin tegen atherosclerose zou daarom een doorbraak zijn.