Hoe kunnen atomen in eiwitten onderscheiden worden met een nieuwe microscoop?

De biomedische wetenschap heeft een steeds grotere behoefte aan beeldmateriaal van biologisch materiaal op het niveau van cellen en eiwitten. Tjerk Oosterkamp, hoogleraar Experimentele natuurkunde, is gespecialiseerd in het ontwikkelen en gebruiken van tastmicroscopen om biologisch materiaal te bestuderen.…

Eiwitten in de membranen van een cel laten zich notoir moeilijk onderzoeken. Vandaar dat oppervlaktefysicus Tjerk Oosterkamp en collega’s hard werken aan een nieuwe techniek om ze zichtbaar te maken. Vandaag publiceren de fysici in Nature over het ‘eerste licht’ van hun nieuwe microscoop.

De bijzondere tumorselectieve eigenschappen van apoptin zijn als eerste in de wereld in Leiden ontdekt. Onze studies tonen aan dat PTD4-apoptin eiwit in potentie ontwikkeld kan worden tot een veilig en effectief nieuw antitumormiddel.

Een essentieel eiwit dat onze hartslag reguleert blijkt ook belangrijk te zijn voor kankercellen. De ontdekking zou kunnen leiden tot nieuwe behandelingen tegen uitzaaiing. Publicatie in Science Signaling op 4 april.

Fotosynthese werkt alleen optimaal als een plant zich kan aanpassen aan verandering in de lichtinval. Natuurkundige Martina Huber ontdekte dat een flexibele staart van een bepaald eiwit het middel kan zijn waarmee de plant die aanpassing op het licht teweeg kan brengen. Haar ontdekking wordt op 5 maart…

Onderzoekers onder leiding van chemicus prof. Marcellus Ubbink hebben onlangs een onderzoek gepubliceerd in Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS) over de dynamica van een belangrijk redoxenzym. Het werk is tot stand gekomen dankzij een NWO VICI subsidie van prof. Ubbink.

Eiwitten organiseren zich rond onze lichaamscellen via een kracht die ze zelf veroorzaken. Ze deuken de cel in en rollen zo naar elkaar toe. Deze ontdekking geeft meer inzicht in processen als voedingsopname en hersensignalen, maar ook in malafide processen zoals Alzheimer. Publicatie in Nature’s Scientific…

Onderzoeksgroepen in het Biological & Soft Matter onderzoeksprogramma ontrafelen de mechanismen in biologische processen en ontwikkelen nieuwe zachte materialen die geïnspireerd zijn door de natuur.

Botresten van duizenden jaren oud zijn vaak te gefragmenteerd om te kunnen identificeren. Het is promovendus Frido Welker nu voor het eerst gelukt om mensachtige botten van elkaar te onderscheiden aan de hand van oude eiwitten. Promotie 18 mei.

Doorzichtige moleculen stuk voor stuk bekijken onder een lichtmicroscoop. Dat kan door ze te binden aan een gouden nanostaafje. De Leidse natuurkundigen dr. Peter Zijlstra en prof.dr. Michel Orrit hebben dit experimenteel aangetoond. Hun artikel staat vanaf 15 april op de website van Nature Nanotech…

Alireza Mashaghi en zijn onderzoeksteam hebben een nieuw kader gecreëerd om vormen van eiwitten en DNA te begrijpen. Met dit raamwerk kunnen veel ziekten beter worden begrepen.

Chemicus Gerjan de Bruin ontwierp een methode om het afbraakproces van eiwitten in cellen te remmen. Dat kan mogelijk bijdragen aan nieuwe kankermedicijnen met minder bijwerkingen. Promotie op 1 juni.

De Dick Stufkens Prijs 2009 wordt toegekend aan dr. Diego Millo voor zijn proefschrift “Combined Electrochemistry and Raman Spectroscopy of Heme Proteins”. De prijs, die bestaat uit een getuigschrift en een geldbedrag van 1.000 euro, wordt op 12 november tijdens het 15-jarig jubileumsymposium van de…

De manier waarop genen zijn opgevouwen bepaalt hoe vaak ze tot uiting komen in ons lichaam. Leidse biofysici hebben nu als eerste deze structuur molecuul-voor-molecuul ontrafeld. Publicatie op 1 december in Nature’s Scientific Reports.

Het werk van SUMO-eiwitten in onze lichaamscellen is van levensbelang. Van die eiwitten maakt moleculair celbioloog Alfred Vertegaal al negen jaar zijn werk. Na een Veni-beurs heeft hij nu ook een prestigieuze Vidi-beurs op zak.

De Leidse chemicus Mario van der Stelt ontwikkelde een sensor die kan zien hoe bepaalde eiwitten een rol spelen bij de ontwikkeling van obesitas. Ook vond zijn team een stof die deze eiwitten afremt. De ontdekking is gepubliceerd in ‘Angewandte Chemie’.

Tijdens het jaarlijkse LACDR Spring Symposium koos het publiek promovendus Rob van Wijk als beste spreker. Daarnaast wonnen zes promovendi een posterprijs. Matthias P. Mayer van Heidelberg University opende het symposium met een keynote lezing over chaperone-eiwitten.

Met elektronspins hebben natuurkundigen het bindingsproces onderzocht van het eiwit α-synucleïne, dat wordt geassocieerd met de ziekte van Parkinson. Wat blijkt is dat het eiwit op een verrassend efficiënte manier bindt aan een hersenmembraan. Met deze in Leiden ontwikkelde methode hebben de onderzoekers…

Nog nooit was een kristalstructuur van een menselijk eiwitmolecuul in een celwand zo kristalhelder. De Leidse onderzoekers Ad IJzerman en Laura Heitman maakten samen met Amerikaanse collega’s de meest gedetailleerde kristalstructuur ooit van een doeleiwit voor geneesmiddelen. De onderzoekers publiceerden…

Afweercellen houden tuberculosebacteriën onder controle door ze af te breken. Leids biologe Annemarie Meijer en collega’s ontdekten welk eiwit hiervoor de aanzet geeft. Dat eiwit (DRAM1) is mogelijk geschikt voor nieuwe medicijnen, schrijven ze in Cell Host & Microbe.

De Leidse onderzoeker Alireza Mashaghi werd onlangs geïnterviewd door het Leidsch Dagblad over zijn meest recente doorbraak: hij en zijn team vonden een manier om van elk eiwit te bepalen hoe het gevouwen is. ‘Je kunt het de vingerafdruk of barcode van eiwitten noemen,’ vertelt Mashaghi in het artik…

Dr. ir. Tjerk Oosterkamp, hoogleraar experimentele natuurkunde, heeft een ambitieus doel: een MRI-scanner die individuele atomen kan onderscheiden in biologische materialen. Hij kreeg er onlangs een VICI-subsidie van 1,5 miljoen euro voor.

Hoe ligt het DNA in onze cellen precies opgevouwen? Om dat te onderzoeken ontvangt biochemicus Remus Dame een ENW-Groot-subsidie van 3 miljoen euro. De Universiteit Leiden deelt de beurs met de TU Delft, VU en het Hubrecht Instituut.

Een nieuwe natuurkundige techniek maakt de weg vrij om het gedrag te bestuderen van Aβ-peptide. Het is bekend dat dit eiwit een rol speelt bij Alzheimer, maar voor effectieve medicatie is het nodig om te weten wat het precies doet. Publicatie op 16 maart in Journal of Biological Physics.

Mensen kunnen niet zonder eiwitten. Eiwitten versnellen chemische reacties of helpen bij de afbraak van medicijnen. Maar hun complexe werking is nog altijd moeilijk te vatten. Chemicus Marcellus Ubbink kreeg een Vici-subsidie om de dynamiek van eiwitten in ons lichaam in beeld te brengen.

Het team van Alireza Mashaghi van het Leiden Academic Centre for Drug Research heeft een manier gevonden om de vorm van eiwitten te bepalen en classificeren: door middel van een barcode. Met de simpele maar precieze topologische barcode is het mogelijk alle soorten vouwen in een eiwit weer te geven.…

Paramagnetisme. Een nieuwe occulte praktijk? Nee. Een van de nieuwste wetenschappelijke methoden om het gedrag van eiwitten haarscherp in kaart te brengen. Marcellus Ubbink van de Universiteit Leiden krijgt ruim 3 miljoen euro van de Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek en de Universiteit…

Genen zijn soms een tijdje actief, en doen dan weer even helemaal niets. Leids fysicus John van Noort ontvangt een NWO ECHO-subsidie om uit te zoeken hoe dit komt.

Een nieuwe techniek, die gebruikt maakt van fluorescente beeldvorming om het gedrag van enzymen te volgen, kan de medicijnontwikkeling voor kanker, ontsteking en nierziekte bevorderen. Onderzoekers van de Universiteit van York en Universiteit Leiden hebben deze bevindingen in Nature Chemical Biology…

De Universiteit Leiden benoemt John van Noort tot hoogleraar biofysica. Hij onderzoekt de manier waarop DNA in ons lichaam wordt opgevouwen en uitgelezen.

Oosterkamp ontving de penning en bijbehorende geldprijs van € 5000 tijdens zijn 'This Week’s Discoveries'-lezing op de faculteit, op dinsdag 22 maart. De Bachienepenning is een stimuleringsprijs voor jonge veelbelovende onderzoekers. Oosterkamp krijgt deze prijs vanwege zijn expertise op vele gebieden…

Het kandidaatgeneesmiddel BIA 10-2474 bindt bij hoge doseringen niet alleen aan het eiwit waarop het gericht is, maar ook aan andere eiwitten. Zo schakelt het eiwitten uit die betrokken zijn bij de stofwisseling in zenuwcellen. Dat schrijft een internationale groep onderzoekers van onder meer de Universiteit…

Door eiwitten in tranen te meten, kunnen oogartsen gemakkelijker de diagnose droge ogen (Dry Eye Disease) stellen. Peter Raus, een Belgische oogchirurg en promovendus bij het Instituut Biologie Leiden, werkte een nieuwe methode uit voor eiwitbepaling in traanvocht. De techniek is ook veelbelovend voor…

De Leidse biofysica Martina Huber was de eerste die ontdekte dat een eiwit dat mede verantwoordelijk is voor de ziekte van Parkinson de vorm van een verstrengeld hoefijzer kan hebben. Een bijzondere ontdekking want het eiwit is nagenoeg onzichtbaar.

Hersenziekten zoals de ziekte van Alzheimer gaan gepaard met opeenhopingen van eiwitten in de hersenen. Maar het verband met de ziekte is niet duidelijk. In het tijdschrift PhysChemPhys publiceren Martina Huber, Enrico Zurlo en collega's een nieuwe methode om het klonteren te volgen.

Op vrijdag 25 mei is de oratie van Tjerk Oosterkamp over zijn leeropdracht 'Experimentele Natuurkunde'.

Prof. Hermen Overkleeft is bekroond met de 2015 Jeremy Knowles Award van de Royal Society of Chemistry voor zijn innovatieve en inzichtelijke ontwikkeling van activity-based eiwit probes voor de beeldvorming en de identificatie van enzymen in gezondheid en ziekte. Van Overkleeft is in Leiden verbonden…

Leidse chemisch biologen, onder leiding van dr. Mario van der Stelt, hebben stoffen ontdekt die ontstekingsprocessen in de hersenen kunnen verminderen. Daarmee is een eerste stap gezet in de ontwikkeling van potentiële geneesmiddelen voor de behandeling van hersenziekten zoals de ziekten van Alzheimer…

Twee Leidse astronomen mogen de prestigieuze IAU PhD Prize in ontvangst nemen. Zowel Jorryt Matthee als Niels Ligterink vielen in de prijzen. Wetenschappelijk directeur Huub Röttgering: ‘Dat dit jaar twee van onze promovendi een IAU prijs krijgen voor het beste proefschrift in hun onderzoeksgebied vervult…

Dr. Bela Bode ontvangt van de Alexander von Humboldt-stichting de Feodor Lynen onderzoeksbeurs voor de ontwikkeling van nieuwe methoden voor verbetering van het signaal in de vaste stof NMR. Hij streeft naar een specifiek analytisch instrument voor oppervlakte-studies en onderzoek over membranen en…

Onze DNA-moleculen worden door eiwitten verpakt in compacte structuren. Het doel van dit project is om te begrijpen hoe moderne technieken voor genbewerking desalniettemin toegang krijgen tot hun doelwit op het DNA.

Het Protein Centre kan u voorzien van gezuiverde eiwitten die essentieel zijn voor vele experimenten, variërend van in-vitro-inhibitorscreening en enzymatische analyse tot manipulatie van levende cellen.

Schneider

Kasteren

Pas als we stap voor stap een plant of dier kunnen ‘bouwen’, begrijpen we hoe het organisme werkt. Zo kunnen we volgen en invoelen hoe eiwitten en DNA zich organiseren tot cellen en hoe cellen zich logischerwijs wel moeten organiseren tot weefsels, organen en hele dieren. Pas dan begrijpen we echt hoe…

Remus Dame

Hoe kunnen we met behulp van moleculair gereedschap meer inzicht krijgen in de ziekteverwekkende eigenschappen van de Neisseria pili?