Bacterial chemosensory arrays are protein assemblies that are the key structural and functional component for motile bacteria to sense their internal or environmental chemical signals.

Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) is a powerful technique used to visualize the inside of cells and to study specific protein complexes. Within this thesis, I describe the use of various cryo-EM techniques to gain insight into the structural changes of the human pathogen, Vibrio cholerae, as it…

Electron microscopy has become an extremely important techniquein a wide variety of elds.

Het doel van deze faciliteit is om het biomedisch onderzoek te versnellen door toegang te bieden tot geavanceerde licht- en elektronenmicroscopie en door het delen van expertise over monstervoorbereiding, beeldvormingsmodaliteiten, gegevensopslag en beeldanalyse.

Promotor: Prof.dr. J.M. van Ruitenbeek, Prof.dr. R.M. Tromp

The dissertation describes TEM experiments on heterogeneous catalysts.

n this PhD thesis, the recombination of different atomic lattices in stacked 2D materials such as twisted bilayer graphene is studied. Using the different possibilities of Low-Energy Electron Microscopy (LEEM), the domain forming between the two atomic layers with small differences is studied.

Promotores: Prof.dr. H.P. Spaink & Prof.dr. P.C.W. Hogendoorn Co-promotor: Dr. M.J.M. Schaaf

In condensed matter systems electron-electron interactions, negligible in everyday metals, can dramatically alter the electronic behavior of the system. Examples of such altered behavior include high-temperature superconductivity and modulation of the electron density.

This thesis described the development of novel scanning tunneling microscopy techniques to investigate strongly correlated electronic states in quantum matter.

This thesis describes a study from both a theoreticaL and an experimental point of view.

Materials with strongly correlated electrons show some of the most mysterious and exotic phases of quantum matter, such as unconventional superconductivity, quantum criticality and strange metal phase.

Promotor: Prof.dr. J.P. Abrahams, Prof.dr. M. van Heel

Promotor: J.P. Abrahams, Co-promotor: T. Grüne

Promotor: T. Schmidt

De Microscopy Unit huisvest, onderhoudt en coördineert vrijwel alle microscopieapparatuur van het IBL. De beschikbare apparatuur varieert van conventionele licht- en fluorescentiemicroscopen tot confocale laser- en elektronenmicroscopen. Er is bovendien apparatuur beschikbaar voor histologie, met inbegrip…

Bacteria have the ability to alter their morphology in order to adapt to changing environments.

Single-Molecule Microscopy (SMM) techniques constitute a group of powerful imaging tools that enable researchers to study the dynamic behavior of individual molecules.

Single-molecule spectroscopy has become a powerful method for using organic fluorescent molecules in numerous applications.

There are many interpretations of quantum mechanics, and ultimately experiments are needed to verify or falsify these interpretations.

Promotor: T.H. Oosterkamp

In surface science there is great effort to move from studying simple, flat model surfaces in vacuum to investigating more complex model catalysts in gas environments (in situ). This thesis gives three examples of such studies using microscopy and spectroscopy.

In this thesis the combinatorial use of bioorthogonal labelling and Electron Microscopy (EM)-based imaging techniques is explored to enable observations of specific molecular targets in their ultrastructural context within the cell.

In this thesis, we describe the latest advances in SQUID-detected Magnetic Resonance Force Microscopy (MRFM).

In this thesis, we show how MRFM can usefully contribute to the field of condensed-matter.

In this thesis we investigated the ability of two-photon multifocal microscopy for single-molecule microscopy in live cells and organisms.

In this thesis we use Josephson and noise scanning tunneling microscopy for the study of conventional, unconventional (iron-based) and disordered superconductors. On the one hand, Josephson scanning tunneling microscopy allows us to directly visualize the superfluid density with high spatial resolut…

Promotores: Prof.dr. C.U. Keller, Prof.dr. H.C. Gerritsen

Promotor: J. Zaanen, Co-Promotor: V. Juricic

Promotores: G.W. Canters, T.J. Aartsma

The research in this thesis is focused on tomographic reconstruction based on two imaging modalities in electron microscopy.

De Nobelprijs voor Scheikunde 2017 is uitgereikt aan Jacques Dubochet, Richard Henderson en Joachim Frank, voor hun ontwikkeling van de cryo-elektronenmicroscopie. Met deze techniek kunnen biomoleculen in 3D in beeld gebracht worden, legt hoogleraar Ultrastructuurbiologie Ariane Briegel uit.

In this thesis, bioorthogonal chemistry is combined with correlative light-electron microscopy to selectively label and study pathogenic intracellular bacteria within the host immune cell.

The inverse electron demand Diels-Alder (IEDDA) pyridazine elimination emerged in 2013 as a new bioorthogonal reaction and constitutes a prime example of what is now known as dissociative bioorthogonal chemistry. The research described in this Thesis aims to develop synthetic strategies which enable…

Inverse problems are problems where we want to estimate the values of certain parameters of a system given observations of the system. Such problems occur in several areas of science and engineering. Inverse problems are often ill-posed, which means that the observations of the system do not uniquely…

Een speciaal type microscoop jaagt momenteel een revolutie aan in de biologie: de cryo-elektronenmicroscoop. Twee van zulke giganten staan sinds 2011 op de Leidse Faculteit der Wiskunde en Natuurwetenschappen. Hoogleraar Ultrastructuurbiologie Ariane Briegel vertelt hierover in het NRC Handelsblad.

'Het Nederlands Centrum voor Elektronen Nanoscopie (NeCEN) is een mooi voorbeeld van een faciliteit die op nationale schaal toegang biedt tot de laatste ontwikkelen op het gebied van cryo-elektronen microscopie', dat schrijft Sriram Subramaniam, een vooraanstaand leider in deze tak van sport, in het…

Promotor: B. van de Water

Promotor: B. van de Water

Het logo van de Universiteit Leiden, met letters zo klein als een bacterie. Wetenschappers van het LUMC en het Instituut Biologie hebben het kleinste logo ooit van onze universiteit gemaakt. Een grapje met een serieuze ondertoon: met de nieuwe microscoop waarmee het logo is gemaakt, kunnen zij nog gedetailleerder…

Promotor: Prof.dr. J.W.M. Frenken

This thesis is concerned with the constitution of chiral responsive matrix assemblies that may undergo light-driven conformational changes and self-select vibrations to develop vibronic states for driving semi-classical coherent transfer with nearly 100% yield in a lossless NCAP process.

Onderzoeksgroepen in het Quantum Matter & Optics onderzoeksprogramma onderzoeken elektronische eigenschappen van interacties van materie en lichtmaterie, met de nadruk op quantuminformatie.

Natuurkundige Daniël Geelen ontwikkelde tijdens zijn promotie een nieuwe microscoop die laag-energetische elektronen gebruikt. Zulke elektronen zijn minder schadelijk voor biologische en organische materialen. Geelen promoveert op 31 mei.

Een internationaal team met onderzoekers uit Leiden heeft ontdekt hoe een bacterie een intern systeem heeft herschikt om grip op beweging te krijgen. Gecontroleerde beweging is heel belangrijk bij het binnendringen van een gastheer, met mogelijk ziekte tot gevolg. Publicatie op 27 april in Nature Co…

De Europese Unie heeft tien miljoen euro geïnvesteerd in het zogeheten iNEXT-Discovery consortium. Het consortium wil innovatief structureel biologisch onderzoek beter toegankelijk maken voor Europese onderzoekers. Ook het Netherlands Centre for Electron Nanoscopy (NeCEN) maakt deel uit van iNEXT-Disovery,…

From surface science towards industrial practice using high-pressure scanning tunneling microscopy.

Promotie

Op 21 maart vond het Life Sciences Café eenmalig plaats bij NeCEN. Zo’n 60 buren van het Leidse BioScience Park bezochten de faciliteit voor cryo-elektronenmicroscopie voor een kijkje achter de schermen. Volgens hoofd van NeCEN Ludo Renault was de avond een groot succes.

Promotie